良种场行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州阿合奇县，良种场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜自治州阿合奇县。