良种场行政区划上隶属于阿合奇县，阿合奇县隶属于克孜勒苏柯尔克孜自治州，良种场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于克孜勒苏柯尔克孜自治州。