医院二巷行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州奇台县，医院二巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州奇台县。