医院二巷行政区划上隶属于奇台县，奇台县隶属于昌吉回族自治州，昌吉回族自治州隶属于新疆维吾尔自治区，医院二巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。