棉花原种场第二居委会行政区划上隶属于泗阳县，泗阳县隶属于宿迁市，宿迁市隶属于江苏省，棉花原种场第二居委会的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于江苏省。