江苏省南通市启东市合作镇行政区划上隶属于启东市，启东市隶属于合作镇，合作镇隶属于南通市，江苏省南通市启东市合作镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于南通市。