查干淖尔镇行政区划上隶属于内蒙古自治区锡林郭勒盟阿巴嘎旗，查干淖尔镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于内蒙古自治区锡林郭勒盟阿巴嘎旗。