药厂南巷行政区划上隶属于扎兰屯市，扎兰屯市隶属于呼伦贝尔市，呼伦贝尔市隶属于内蒙古自治区，药厂南巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于内蒙古自治区。