莫合农场牧业队行政区划上隶属于巩留县，巩留县隶属于伊犁哈萨克自治州，伊犁哈萨克自治州隶属于新疆维吾尔自治区，莫合农场牧业队的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。