66团良种连行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州霍城县，66团良种连的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州霍城县。