阿合恰管理区行政区划上隶属于和田市，和田市隶属于和田地区，和田地区隶属于新疆维吾尔自治区，阿合恰管理区的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。