新疆喀什地区麦盖提县46团行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区喀什地区麦盖提县，新疆喀什地区麦盖提县46团的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区喀什地区麦盖提县。