永宁镇黑疙瘩村行政区划上隶属于焉耆回族自治县，焉耆回族自治县隶属于巴音郭楞蒙古自治州，巴音郭楞蒙古自治州隶属于新疆维吾尔自治区，永宁镇黑疙瘩村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。