轮南镇行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州轮台县，轮南镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州轮台县。