轮台镇巴格博依村行政区划上隶属于轮台县，轮台县隶属于巴音郭楞蒙古自治州，轮台镇巴格博依村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于巴音郭楞蒙古自治州。