昆屯仑种子队行政区划上隶属于温泉县，温泉县隶属于博尔塔拉蒙古自治州，博尔塔拉蒙古自治州隶属于新疆维吾尔自治区，昆屯仑种子队的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。