新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州吉木萨尔县兵团农六师红旗农场行政区划上隶属于吉木萨尔县，吉木萨尔县隶属于兵团农六师红旗农场，兵团农六师红旗农场隶属于昌吉回族自治州，新疆维吾尔自治区昌吉回族自治州吉木萨尔县兵团农六师红旗农场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于昌吉回族自治州。