清水河子哈萨克族乡芦草沟村行政区划上隶属于玛纳斯县，玛纳斯县隶属于昌吉回族自治州，清水河子哈萨克族乡芦草沟村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于昌吉回族自治州。