水磨沟镇行政区划上隶属于阜康市，阜康市隶属于昌吉回族自治州，昌吉回族自治州隶属于新疆维吾尔自治区，水磨沟镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。