良种场行政区划上隶属于木垒哈萨克自治县，木垒哈萨克自治县隶属于昌吉回族自治州，昌吉回族自治州隶属于新疆维吾尔自治区，良种场的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。