良种场小青疙瘩村行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区哈密地区巴里坤哈萨克自治县，良种场小青疙瘩村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区哈密地区巴里坤哈萨克自治县。