博斯坦乡琼帕依扎村行政区划上隶属于托克逊县，托克逊县隶属于吐鲁番地区，吐鲁番地区隶属于新疆维吾尔自治区，博斯坦乡琼帕依扎村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。