南苑巷行政区划上隶属于米东区，米东区隶属于乌鲁木齐市，乌鲁木齐市隶属于新疆维吾尔自治区，南苑巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。