南湖北路东二巷行政区划上隶属于水磨沟区，水磨沟区隶属于乌鲁木齐市，乌鲁木齐市隶属于新疆维吾尔自治区，南湖北路东二巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。