南湾街三巷行政区划上隶属于天山区，天山区隶属于乌鲁木齐市，乌鲁木齐市隶属于新疆维吾尔自治区，南湾街三巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区。