黑甲山后二巷行政区划上隶属于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市天山区，黑甲山后二巷的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市天山区。