吉尼赛乡瓦作村行政区划上隶属于囊谦县，囊谦县隶属于玉树藏族自治州，吉尼赛乡瓦作村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于玉树藏族自治州。