申扎镇玛尼拉康行政区划上隶属于申扎县，申扎县隶属于那曲地区，那曲地区隶属于西藏自治区，申扎镇玛尼拉康的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于西藏自治区。