卓克基镇行政区划上隶属于马尔康县，马尔康县隶属于阿坝藏族羌族自治州，阿坝藏族羌族自治州隶属于四川省，卓克基镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于四川省。