牡丹乡南靳庄行政区划上隶属于牡丹区，牡丹区隶属于菏泽市，菏泽市隶属于山东省，牡丹乡南靳庄的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于山东省。