藏巴哇乡侯旗村行政区划上隶属于卓尼县，卓尼县隶属于甘南藏族自治州，藏巴哇乡侯旗村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于甘南藏族自治州。