甘肃省天水市秦州区牡丹镇行政区划上隶属于秦州区，秦州区隶属于牡丹镇，甘肃省天水市秦州区牡丹镇的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于牡丹镇。