南溪干休所行政区划上隶属于河口瑶族自治县，河口瑶族自治县隶属于红河哈尼族彝族自治州，红河哈尼族彝族自治州隶属于云南省，南溪干休所的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于云南省。