金水河镇南科村行政区划上隶属于云南省红河哈尼族彝族自治州金平苗族瑶族傣族自治县，金水河镇南科村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于云南省红河哈尼族彝族自治州金平苗族瑶族傣族自治县。