瓦寨镇柑子院村行政区划上隶属于三穗县，三穗县隶属于黔东南苗族侗族自治州，瓦寨镇柑子院村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于黔东南苗族侗族自治州。