水门洞行政区划上隶属于花垣县，花垣县隶属于湘西土家族苗族自治州，湘西土家族苗族自治州隶属于湖南省，水门洞的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于湖南省。