花垣镇农科站村行政区划上隶属于湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县，花垣镇农科站村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于湖南省湘西土家族苗族自治州花垣县。