马颈坳镇康云村行政区划上隶属于吉首市，吉首市隶属于湘西土家族苗族自治州，马颈坳镇康云村的下属街道自然村居委会及其地理管辖范围内的企业事业单位也属于湘西土家族苗族自治州。